Il a été créé par la loi de programmation pour la ville et la cohésion urbaine du 21 février 2014, qui lui confère un rôle majeur pour la connaissance des quartiers prioritaires de la politique de la ville.
Par arrêté du ministre de la Ville et du Logement daté du 20 janvier 2023, Laetitia Hélouet est nommée présidente de l'observatoire et présidente du comité d'orientation de l'Observatoire national de la politique de la ville, en remplacement de Jean-François Cordet. Le comité d'orientation de l'ONPV est composé d'une cinquantaine de membres, issus de la sphère de la mise en œuvre de la politique de la ville, de l’administration centrale, des opérateurs publics, des experts et des élus.
L'ONPV succède à l’Observatoire national des zones urbaines sensibles (Onzus) et au Comité d’évaluation et de suivi de l’Agence nationale pour la rénovation urbaine (CES de l'Anru) qui lui ont transmis des méthodologies, des pratiques rigoureuses gages de la nécessaire qualité scientifique de ses productions. L’ONPV va avoir à approfondir certains champs (développement économique, santé ...), à explorer de nouvelles thématiques (participation des habitants, radicalisation ...), à interroger des modes de faire.
Le secrétariat de l’ONPV est assuré par l'ANCT et en particulier par le pôle analyse et diagnostics territoriaux au sein de la direction générale déléguée "appui opérationnel et stratégique".